Comparación de la Variabilidad Genética de Tres Regiones de Adn Cloroplástico y una Nuclear en el Ishpingo (Ocotea Quixos), Proveniente de 5 Provincias de la Amazonía Ecuatoriana

Paula Elizabeth Salazar Costa; Patricio Israel Rivas Navarrete; Germania Margarita Karolys Gutierrez

Comparación de la Variabilidad Genética de Tres Regiones de Adn Cloroplástico y una Nuclear en el Ishpingo (Ocotea Quixos), Proveniente de 5 Provincias de la Amazonía Ecuatoriana

Translated title of the contribution: Comparison of the Genetic Variability of Three Chloroplastic and One Nuclear DNA Regions in the Ishpingo (Ocotea Quixos), Coming from 5 Provinces of the Ecuadorian Amazon

Paula Elizabeth Salazar Costa
, Patricio Israel Rivas Navarrete
, Germania Margarita Karolys Gutierrez

Research output: Contribution to conference › Paper

Abstract

Ocotea quixos (Lam.) Kosterm. (Ishpingo) is a tree that grows in humid tropical forests of South America (310–1200 m above sea level) and is used medicinally and as a condiment, as it possesses essential oils with antiplatelet and antithrombotic properties, among others. In Ecuador, wild populations of Ishpingo are declining due to ecosystem transformation, deforestation, and clonal cultivation. This study compared the genetic variability of three chloroplast DNA regions (matK, rbcLa, and psbA trnH) and one nuclear ITS region from Ishpingo obtained from five provinces of the Ecuadorian Amazon. Based on the alignments obtained, phylogeny was performed using the maximum likelihood criterion, with a bootstrap of 1000 replicates and Jukes-Cantor. Genetic variability was determined using the DNA conservation coefficient and Nei's nucleotide variability coefficient (π). The nucleotide variability of the matK, rbcLa, and psbA-trnH regions was low (π ≤ 0.005) due to their high degree of conservation. The ITS region showed greater variability (π = 0.11), grouping the analyzed individuals into two clades. The results for the ITS region may be affected by the homoplasy present in this region. The analyzed regions were not useful for studying genetic variability in Ishpingo. Therefore, it is suggested that new regions of chloroplast and nuclear DNA be analyzed to allow for population genetic studies of this species in Ecuador.

Translated title of the contribution	Comparison of the Genetic Variability of Three Chloroplastic and One Nuclear DNA Regions in the Ishpingo (Ocotea Quixos), Coming from 5 Provinces of the Ecuadorian Amazon
Original language	Spanish (Ecuador)
State	Published - 1 May 2017
Event	V Congreso de la Red Ecuatoriana de Universidades y Escuelas Politécnicas para Investigación y Posgrado, REDU 2017 - EC Duration: 5 Oct 2017 → 6 Oct 2017 http://congreso.redu.edu.ec/

Conference

Conference	V Congreso de la Red Ecuatoriana de Universidades y Escuelas Politécnicas para Investigación y Posgrado, REDU 2017
Period	5/10/17 → 6/10/17
Internet address	http://congreso.redu.edu.ec/

Keywords

Genética vegetal
Kosterm
Ocotea quixos

CACES Knowledge Areas

115A Biology

Cite this

Salazar Costa, P. E., Rivas Navarrete, P. I., & Karolys Gutierrez, G. M. (2017). Comparación de la Variabilidad Genética de Tres Regiones de Adn Cloroplástico y una Nuclear en el Ishpingo (Ocotea Quixos), Proveniente de 5 Provincias de la Amazonía Ecuatoriana. Paper presented at V Congreso de la Red Ecuatoriana de Universidades y Escuelas Politécnicas para Investigación y Posgrado, REDU 2017.

Salazar Costa, Paula Elizabeth ; Rivas Navarrete, Patricio Israel ; Karolys Gutierrez, Germania Margarita. / Comparación de la Variabilidad Genética de Tres Regiones de Adn Cloroplástico y una Nuclear en el Ishpingo (Ocotea Quixos), Proveniente de 5 Provincias de la Amazonía Ecuatoriana. Paper presented at V Congreso de la Red Ecuatoriana de Universidades y Escuelas Politécnicas para Investigación y Posgrado, REDU 2017.

@conference{5ba38156d72442fe8d27fb08a2fb4688,

title = "Comparaci{\'o}n de la Variabilidad Gen{\'e}tica de Tres Regiones de Adn Cloropl{\'a}stico y una Nuclear en el Ishpingo (Ocotea Quixos), Proveniente de 5 Provincias de la Amazon{\'i}a Ecuatoriana",

abstract = "Ocotea quixos (Lam.) Kosterm. (Ishpingo) es un {\'a}rbol que crece en bosques h{\'u}medos tropicales de Sudam{\'e}rica (310 - 1200 msnm) y se utiliza como medicina y condimento, ya que posee aceites esenciales con propiedades antiplaquetarias, antitromb{\'o}ticas, entre otras. En Ecuador, las poblaciones silvestres de Ishpingo, son reducidas por la transformaci{\'o}n de ecosistemas, deforestaci{\'o}n y cultivo clonal. Este estudio compar{\'o} la variabilidad gen{\'e}tica de tres regiones de ADN cloropl{\'a}stico (matK, rbcLa y psbA trnH) y una nuclear ITS de Ishpingo proveniente de 5 provincias de la Amazon{\'i}a ecuatoriana. En base a los alineamientos obtenidos se realiz{\'o} la filogenia utilizando el criterio de m{\'a}xima verosimilitud, con un bootstrap de 1000 r{\'e}plicas y con Jukes Cantor. La variabilidad gen{\'e}tica se determin{\'o} mediante el coeficiente de conservaci{\'o}n de ADN y el coeficiente de variabilidad nucleot{\'i}dica de Nei (π). La variabilidad nucleot{\'i}dica de las regiones matK, rbcLa y psbA-trnH fueron bajas (π ≤ 0.005), debido a su alto grado de conservaci{\'o}n. La regi{\'o}n ITS present{\'o} una variabilidad superior (π= 0.11), agrupando a los individuos analizados en dos clados. Los resultados de la regi{\'o}n ITS pueden estar afectados por la homoplasia que presenta esta regi{\'o}n. Las regiones analizadas no fueron {\'u}tiles para el estudio de variabilidad gen{\'e}tica en Ishpingo. Por lo que se sugiere analizar nuevas regiones de ADN cloropl{\'a}stico y nuclear, que permitan realizar estudios de gen{\'e}tica poblacional de esta especie en el Ecuador.",

keywords = "Gen{\'e}tica vegetal, Kosterm, Ocotea quixos, Gen{\'e}tica vegetal, Kosterm, Ocotea quixos",

author = "\{Salazar Costa\}, \{Paula Elizabeth\} and \{Rivas Navarrete\}, \{Patricio Israel\} and \{Karolys Gutierrez\}, \{Germania Margarita\}",

year = "2017",

month = may,

day = "1",

language = "Espa{\~n}ol (Ecuador)",

note = "V Congreso de la Red Ecuatoriana de Universidades y Escuelas Polit{\'e}cnicas para Investigaci{\'o}n y Posgrado, REDU 2017 ; Conference date: 05-10-2017 Through 06-10-2017",

url = "http://congreso.redu.edu.ec/",

}

Salazar Costa, PE, Rivas Navarrete, PI & Karolys Gutierrez, GM 2017, 'Comparación de la Variabilidad Genética de Tres Regiones de Adn Cloroplástico y una Nuclear en el Ishpingo (Ocotea Quixos), Proveniente de 5 Provincias de la Amazonía Ecuatoriana', Paper presented at V Congreso de la Red Ecuatoriana de Universidades y Escuelas Politécnicas para Investigación y Posgrado, REDU 2017, 5/10/17 - 6/10/17.

Comparación de la Variabilidad Genética de Tres Regiones de Adn Cloroplástico y una Nuclear en el Ishpingo (Ocotea Quixos), Proveniente de 5 Provincias de la Amazonía Ecuatoriana. / Salazar Costa, Paula Elizabeth; Rivas Navarrete, Patricio Israel; Karolys Gutierrez, Germania Margarita.
2017. Paper presented at V Congreso de la Red Ecuatoriana de Universidades y Escuelas Politécnicas para Investigación y Posgrado, REDU 2017.

Research output: Contribution to conference › Paper

TY - CONF

T1 - Comparación de la Variabilidad Genética de Tres Regiones de Adn Cloroplástico y una Nuclear en el Ishpingo (Ocotea Quixos), Proveniente de 5 Provincias de la Amazonía Ecuatoriana

AU - Salazar Costa, Paula Elizabeth

AU - Rivas Navarrete, Patricio Israel

AU - Karolys Gutierrez, Germania Margarita

PY - 2017/5/1

Y1 - 2017/5/1

N2 - Ocotea quixos (Lam.) Kosterm. (Ishpingo) es un árbol que crece en bosques húmedos tropicales de Sudamérica (310 - 1200 msnm) y se utiliza como medicina y condimento, ya que posee aceites esenciales con propiedades antiplaquetarias, antitrombóticas, entre otras. En Ecuador, las poblaciones silvestres de Ishpingo, son reducidas por la transformación de ecosistemas, deforestación y cultivo clonal. Este estudio comparó la variabilidad genética de tres regiones de ADN cloroplástico (matK, rbcLa y psbA trnH) y una nuclear ITS de Ishpingo proveniente de 5 provincias de la Amazonía ecuatoriana. En base a los alineamientos obtenidos se realizó la filogenia utilizando el criterio de máxima verosimilitud, con un bootstrap de 1000 réplicas y con Jukes Cantor. La variabilidad genética se determinó mediante el coeficiente de conservación de ADN y el coeficiente de variabilidad nucleotídica de Nei (π). La variabilidad nucleotídica de las regiones matK, rbcLa y psbA-trnH fueron bajas (π ≤ 0.005), debido a su alto grado de conservación. La región ITS presentó una variabilidad superior (π= 0.11), agrupando a los individuos analizados en dos clados. Los resultados de la región ITS pueden estar afectados por la homoplasia que presenta esta región. Las regiones analizadas no fueron útiles para el estudio de variabilidad genética en Ishpingo. Por lo que se sugiere analizar nuevas regiones de ADN cloroplástico y nuclear, que permitan realizar estudios de genética poblacional de esta especie en el Ecuador.

AB - Ocotea quixos (Lam.) Kosterm. (Ishpingo) es un árbol que crece en bosques húmedos tropicales de Sudamérica (310 - 1200 msnm) y se utiliza como medicina y condimento, ya que posee aceites esenciales con propiedades antiplaquetarias, antitrombóticas, entre otras. En Ecuador, las poblaciones silvestres de Ishpingo, son reducidas por la transformación de ecosistemas, deforestación y cultivo clonal. Este estudio comparó la variabilidad genética de tres regiones de ADN cloroplástico (matK, rbcLa y psbA trnH) y una nuclear ITS de Ishpingo proveniente de 5 provincias de la Amazonía ecuatoriana. En base a los alineamientos obtenidos se realizó la filogenia utilizando el criterio de máxima verosimilitud, con un bootstrap de 1000 réplicas y con Jukes Cantor. La variabilidad genética se determinó mediante el coeficiente de conservación de ADN y el coeficiente de variabilidad nucleotídica de Nei (π). La variabilidad nucleotídica de las regiones matK, rbcLa y psbA-trnH fueron bajas (π ≤ 0.005), debido a su alto grado de conservación. La región ITS presentó una variabilidad superior (π= 0.11), agrupando a los individuos analizados en dos clados. Los resultados de la región ITS pueden estar afectados por la homoplasia que presenta esta región. Las regiones analizadas no fueron útiles para el estudio de variabilidad genética en Ishpingo. Por lo que se sugiere analizar nuevas regiones de ADN cloroplástico y nuclear, que permitan realizar estudios de genética poblacional de esta especie en el Ecuador.

KW - Genética vegetal

KW - Kosterm

KW - Ocotea quixos

KW - Genética vegetal

KW - Kosterm

KW - Ocotea quixos

UR - https://redi.cedia.edu.ec/document/85668

M3 - Documento

T2 - V Congreso de la Red Ecuatoriana de Universidades y Escuelas Politécnicas para Investigación y Posgrado, REDU 2017

Y2 - 5 October 2017 through 6 October 2017

ER -

Salazar Costa PE, Rivas Navarrete PI, Karolys Gutierrez GM. Comparación de la Variabilidad Genética de Tres Regiones de Adn Cloroplástico y una Nuclear en el Ishpingo (Ocotea Quixos), Proveniente de 5 Provincias de la Amazonía Ecuatoriana. 2017. Paper presented at V Congreso de la Red Ecuatoriana de Universidades y Escuelas Politécnicas para Investigación y Posgrado, REDU 2017.

Comparación de la Variabilidad Genética de Tres Regiones de Adn Cloroplástico y una Nuclear en el Ishpingo (Ocotea Quixos), Proveniente de 5 Provincias de la Amazonía Ecuatoriana

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Multivariate Analysis of Four Essential Oils: Turmeric (Curcuma longa), Lemongrass (Cymbopogon citratus), Ginger (Zingiber officinale), and Ishpink Leaves (Ocotea quixos) to Correlate Geographic Location, Soil Type, and Extraction Method with the Composition of Each (Phase 4)

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Comparación de la Variabilidad Genética de Tres Regiones de Adn Cloroplástico y una Nuclear en el Ishpingo (Ocotea Quixos), Proveniente de 5 Provincias de la Amazonía Ecuatoriana

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Multivariate Analysis of Four Essential Oils: Turmeric (Curcuma longa), Lemongrass (Cymbopogon citratus), Ginger (Zingiber officinale), and Ishpink Leaves (Ocotea quixos) to Correlate Geographic Location, Soil Type, and Extraction Method with the Composition of Each (Phase 4)

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